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項(xiàng)目介紹

基因組學(xué)：基因組學(xué)是對生物體所有基因進(jìn)行集體表征、定量研究及不同基因組比較研究的一門交叉生物學(xué)學(xué)科?；蚪M學(xué)主要研究基因組的結(jié)構(gòu)、功能、進(jìn)化、定位和編輯等，以及它們對生物體的影響。

動植物基因組

動植物基因組de novo測序、遺傳變異檢測、BSA性狀定位、遺傳圖譜構(gòu)建、群體進(jìn)化、全基因組關(guān)聯(lián)分析、SSR分子標(biāo)記開發(fā)

人基因組

全外顯子組測序、人基因組重測序、目標(biāo)區(qū)域捕獲測序

微生物基因組測序

細(xì)菌基因組de novo測序、細(xì)菌基因組重測序、真菌基因組de novo測序、真菌基因組重測序、病毒基因組測序、線粒體&葉綠體基因組測序、質(zhì)粒&BAC克隆子基因組測序

樣品要求

1. 送樣需標(biāo)清樣品編號，封口處用封口膜密封；

2. 送樣前請與技術(shù)人員溝通送樣條件，樣品保存期間切勿反復(fù)凍融。

樣本類型	送樣要求
動植物基因組樣本
植物組織	嫩葉鮮重2g
高等或大型動物	肌肉組織鮮重2g
微體型動物	動物體累計(jì)鮮重2g
昆蟲	正常體型3g，微體型2g
血液（抗凝）	正常體型3g，微體型2g
微生物基因組樣本（建議送樣量3倍以上）
細(xì)菌框架圖	菌體0.1g/核酸0.2μg
細(xì)菌完成圖pacbio（革蘭氏陰性菌）	菌體0.5g/核酸5μg
細(xì)菌完成圖pacbio（革蘭氏陽性菌）	菌體0.7g/核酸5μg
細(xì)菌完成圖nanopore	菌體0.5g/核酸3μg
人基因組樣本
基因組DNA	濃度≥20ng/μl,總量≥2μg
血液（抗凝）	新鮮血液2-3ml，-20℃保存

項(xiàng)目案例

常見問題

1、基因組框架圖和精細(xì)圖有什么不同？

框架圖能覆蓋基因組常染色體區(qū)域90%，覆蓋基因區(qū)域95%，Contig N5到5 kb，Scaffold N50達(dá)到20 kb，單堿基錯(cuò)誤率在十萬分之一以下。精細(xì)圖能覆蓋基因組常染色體區(qū)域95%，覆蓋基因區(qū)域98%，Contig N5到20 kb，Scaffold N50達(dá)到300 kb，單堿基錯(cuò)誤率在十萬分之一以下。

2、動植物基因組從頭測序時(shí)為什么需要構(gòu)建不同類型的文庫？

因?yàn)閯又参锘蚪M大、復(fù)雜度高，且存在大量的重復(fù)區(qū)域，因此需要制備不同梯度的測序文庫，進(jìn)行雙末端測序，使得在拼接中能夠跳過大范圍的重復(fù)區(qū)，從而避免了基因組中重復(fù)序列造成的錯(cuò)拼，提高了拼接的質(zhì)量；同時(shí)結(jié)合BAC或Fosmid文庫以及多種測序平臺的綜合運(yùn)用，保證了測序的準(zhǔn)確性和基因組的完整性，從而完成高等動植物的基因組圖譜繪制。

3、外顯子組測序需要多少的覆蓋深度？

測序深度根據(jù)研究目的、樣本量及客戶的預(yù)期而定，建議有效測序深度100×以上，單基因遺傳病推薦至少100×，腫瘤等體細(xì)胞突變疾病推薦200×以上。

4、人全基因組測序的優(yōu)勢是什么？

人全基因組測序可以挖掘各種遺傳變異，一些大的結(jié)構(gòu)變異，與全外顯子測序相比，不局限于編碼區(qū)變異，可以在全基因組范圍內(nèi)尋找與疾病或功能相關(guān)的位點(diǎn)。

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