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項(xiàng)目介紹

一、細(xì)菌的 16S rDNA 序列在不同的物種間是高度保守的，不同的物種間序列是不一樣的，因而對此序列通過PCR 擴(kuò)增、測序，與 GenBank 中的已知序列進(jìn)行比對后，則可判定細(xì)菌種類，將其劃分到屬或種。16srDNA (16SrRNA 為核糖體的 RNA 的一個(gè)亞基，16srDNA 就是編碼該亞基的基因)鑒定是指用利用細(xì)菌 16srDNA 序列測序的方法對細(xì)菌進(jìn)行種屬鑒定。16srDNA 是細(xì)菌染色體上編碼 16srRNA 相對應(yīng)的 DNA 序列，存在于所有細(xì)菌染色體基因中。 rRNA 指的是 rDNA 的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，它是構(gòu)成核糖體的重要成分，核糖體由許多小的 rRNA 分子組裝而成，16S rRNA 是其中一個(gè)組件，一般所分析的對象都是 16s rDNA,因?yàn)?DNA 提取容易,也比較穩(wěn)定。

二、真菌的 ITS 序列在不同的物種間是高度保守的，不同的物種間序列是不一樣的，因而對此序列通過擴(kuò)增、測序，與GenBank 中的已知序列進(jìn)行比對后，則可判定真菌種類，將其劃分到屬或種。

真菌鑒定 4 種基因標(biāo)記：

1、ITS：內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)（internal transcribed spacer of RNA Pol1），rRNA經(jīng)翻譯后修飾移除部分，共兩個(gè)間隔區(qū)，包括5.8S 基因；

2、LSU：28S 核糖體大亞基（28S nuclear ribosomal large subunit rRNA）；

3、SSU：18S 核糖體小亞基（18S nuclear ribosomal small subunit rRNA）；

4、RPB1：RNA 聚合酶 2 最大亞基（the largest subunit of RNA polymerase II），單拷貝，遺傳趨異慢。

內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū) ITS 由于不需要加入成熟核糖體，因此在進(jìn)化過程中能夠承受更多的變異，屬于中度保守的區(qū)域，其保守性基本上表現(xiàn)為種內(nèi)相對一致，種間差異比較明顯。這種特點(diǎn)使 ITS 適合于真菌物種的分子鑒定以及屬內(nèi)物種間或種內(nèi)差異較明顯的菌群間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析。

三、微生物多樣性測序（又稱擴(kuò)增子測序）是利用二代測序平臺，對16S rDNA /ITS 功能基因等特定區(qū)段 PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序，突破傳統(tǒng)微生物不可培養(yǎng)的缺點(diǎn)，獲得環(huán)境樣本中的微生物群落結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系以及微生物與環(huán)境相關(guān)性等信息。

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樣品要求

1.送檢的菌種樣品必須確保無致病性，并在無致病性欄中填寫無；有致病性的樣品我們只接受基因組DNA，樣品有致病性，導(dǎo)致污染和擴(kuò)散，由提供方承擔(dān)相應(yīng)后果；

2.若樣品為基因組DNA，DNA濃度>20ng/ul，體積大于20ul；如果是菌種，請送培養(yǎng)好的菌；

3.菌種不純會(huì)導(dǎo)致測序出現(xiàn)套峰，因此得不到鑒定結(jié)果，如遇這種情況，正常收費(fèi)；

4.對于鑒定的菌株，我們不做備份及保留，請送檢之前做好保種工作，如有疑問請?jiān)谑盏浇Y(jié)果7個(gè)工作日內(nèi)聯(lián)系我們，過期我們會(huì)銷毀樣品，不予處理；

5.如樣品原因擴(kuò)增不成功導(dǎo)致鑒定失敗，會(huì)取消該樣品的項(xiàng)目服務(wù)；若因用戶提供的樣品與需要鑒定的類型不符，導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗，委托人需支付全部項(xiàng)目費(fèi)用；

6.樣本處理時(shí)，需避免污染，且需要干冰寄送的樣本，請?zhí)崆白孕袦?zhǔn)備干冰。

項(xiàng)目案例

Alpha多樣性指數(shù)差異箱形圖

PCoA分析

NMDS分析

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